C# を使ってドキュメントライブラリにファイルをアップロードするには、WebClient クラスを使うのが手軽です。

using (WebClient client = new WebClient())
{
client.UseDefaultCredentials = true;
client.UploadFile(url, "PUT", filename);
}

3 行目は Windows にログインしているユーザーの情報を使って SharePoint にログインすることを示しています。 4 行目は url で指定されたドキュメントライブラリに、filename で指定されたファイルを PUT でアップロードすることを示しています。 PUT でのアップロードになるので、サーバー側は WebDAV アクセスを受信できるようにしておく必要があります。