SharePoint Server のファームを構築した後、各サーバーのセキュリティを高めるために、以下のTechNetの記事を参考に対策をするのがよさそうです。 SharePoint が利用するポート番号やサービスが一通り書いてあるので、社内のネットワーク設定の際にも使える内容かと思います。

セキュリティ強化を計画する http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc262849.aspx